Le domande per il fondo perduto i controlli sono soggette a due tipi di controllo: il primo all’atto della presentazione, successivamente all’atto dell’erogazione del contributo. I controlli potrebbero comportare lo scarto dell’istanza o la revoca, totale o parziale, del contributo erogato. In questi casi ai contribuenti verrebbero inoltre irrogate dall’Agenzia delle entrate le specifiche sanzioni amministrative, e nei casi più gravi, anche le misure previste dal codice penale per indebita percezione di erogazioni a danno dello Stato (articolo 316-ter c.p.).