Le agevolazioni fiscali previste per le start-up innovative sono di due tipi: detassazione della remunerazione tramite strumenti finanziari ed agevolazioni fiscali rivolte agli investimenti. Le prime (ex art. n.27 Dl n.179/12) consistono in una defiscalizzazione, fiscale e contributiva, degli emolumenti riconosciuti sotto forma di stock-option ai propri amministratori, ai propri dipendenti anche se a tempo determinato o part-time, ai collaboratori continuativi compresi i lavoratori a progetto. Le seconde (art. n.29 del Dl n.179/12) si differenziano a seconda che gli investitori siano persone fisiche o soggetti IRES, e sono riconosciute limitatamente agli anni 2013, 2014 e 2015.